JATS writer: use both tex and mml alternatives for math when possible.

2 files changed, 28 insertions, 13 deletions

diff --git a/src/Text/Pandoc/Writers/JATS.hs b/src/Text/Pandoc/Writers/JATS.hs
index 5e1b3164b..71a45bf77 100644
--- a/src/Text/Pandoc/Writers/JATS.hs
+++ b/src/Text/Pandoc/Writers/JATS.hs
@@ -381,14 +381,16 @@ inlineToJATS _ (Math t str) = do
   let tagtype = case t of
                      DisplayMath -> "disp-formula"
                      InlineMath  -> "inline-formula"
-  return $ inTagsSimple tagtype $
-             case res of
-                   Right r  -> text $ Xml.ppcElement conf
-                                    $ fixNS r
-                   Left _   -> inTagsSimple "tex-math"
+  let rawtex = inTagsSimple "tex-math"
                                 $ text "<![CDATA[" <>
                                   text str <>
                                   text "]]>"
+  return $ inTagsSimple tagtype $
+             case res of
+                   Right r  -> inTagsSimple "alternatives" $
+                                  cr <> rawtex $$
+                                  (text $ Xml.ppcElement conf $ fixNS r)
+                   Left _   -> rawtex
 inlineToJATS _ (Link _attr [Str t] ('m':'a':'i':'l':'t':'o':':':email, _))
   | escapeURI t == email =
   return $ inTagsSimple "email" $ text (escapeStringForXML email)
diff --git a/test/writer.jats b/test/writer.jats
index ae72133a8..f498711f0 100644
--- a/test/writer.jats
+++ b/test/writer.jats
@@ -1048,39 +1048,52 @@ These should not be escaped:  \$ \\ \&gt; \[ \{</preformat>
       </list-item>
       <list-item>
         <p>
-          <inline-formula><mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>2</mml:mn><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>4</mml:mn></mml:mrow></mml:math></inline-formula>
+          <inline-formula><alternatives>
+          <tex-math><![CDATA[2+2=4]]></tex-math>
+          <mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo><mml:mn>2</mml:mn><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>4</mml:mn></mml:mrow></mml:math></alternatives></inline-formula>
         </p>
       </list-item>
       <list-item>
         <p>
-          <inline-formula><mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo>∈</mml:mo><mml:mi>y</mml:mi></mml:mrow></mml:math></inline-formula>
+          <inline-formula><alternatives>
+          <tex-math><![CDATA[x \in y]]></tex-math>
+          <mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo>∈</mml:mo><mml:mi>y</mml:mi></mml:mrow></mml:math></alternatives></inline-formula>
         </p>
       </list-item>
       <list-item>
         <p>
-          <inline-formula><mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mi>α</mml:mi><mml:mo>∧</mml:mo><mml:mi>ω</mml:mi></mml:mrow></mml:math></inline-formula>
+          <inline-formula><alternatives>
+          <tex-math><![CDATA[\alpha \wedge \omega]]></tex-math>
+          <mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mi>α</mml:mi><mml:mo>∧</mml:mo><mml:mi>ω</mml:mi></mml:mrow></mml:math></alternatives></inline-formula>
         </p>
       </list-item>
       <list-item>
         <p>
-          <inline-formula><mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mn>223</mml:mn></mml:math></inline-formula>
+          <inline-formula><alternatives>
+          <tex-math><![CDATA[223]]></tex-math>
+          <mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mn>223</mml:mn></mml:math></alternatives></inline-formula>
         </p>
       </list-item>
       <list-item>
         <p>
-          <inline-formula><mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mi>p</mml:mi></mml:math></inline-formula>-Tree
+          <inline-formula><alternatives>
+          <tex-math><![CDATA[p]]></tex-math>
+          <mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mi>p</mml:mi></mml:math></alternatives></inline-formula>-Tree
         </p>
       </list-item>
       <list-item>
         <p>
-          Here’s some display math:
-          <disp-formula><mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mfrac><mml:mi>d</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>d</mml:mi><mml:mi>x</mml:mi></mml:mrow></mml:mfrac><mml:mi>f</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="prefix">(</mml:mo><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="postfix">)</mml:mo><mml:mo>=</mml:mo><mml:munder><mml:mo>lim</mml:mo><mml:mrow><mml:mi>h</mml:mi><mml:mo accent="false">→</mml:mo><mml:mn>0</mml:mn></mml:mrow></mml:munder><mml:mfrac><mml:mrow><mml:mi>f</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="prefix">(</mml:mo><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mi>h</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="postfix">)</mml:mo><mml:mo>−</mml:mo><mml:mi>f</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="prefix">(</mml:mo><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="postfix">)</mml:mo></mml:mrow><mml:mi>h</mml:mi></mml:mfrac></mml:mrow></mml:math></disp-formula>
+          Here’s some display math: <disp-formula><alternatives>
+          <tex-math><![CDATA[\frac{d}{dx}f(x)=\lim_{h\to 0}\frac{f(x+h)-f(x)}{h}]]></tex-math>
+          <mml:math display="block" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mfrac><mml:mi>d</mml:mi><mml:mrow><mml:mi>d</mml:mi><mml:mi>x</mml:mi></mml:mrow></mml:mfrac><mml:mi>f</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="prefix">(</mml:mo><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="postfix">)</mml:mo><mml:mo>=</mml:mo><mml:munder><mml:mo>lim</mml:mo><mml:mrow><mml:mi>h</mml:mi><mml:mo accent="false">→</mml:mo><mml:mn>0</mml:mn></mml:mrow></mml:munder><mml:mfrac><mml:mrow><mml:mi>f</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="prefix">(</mml:mo><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mi>h</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="postfix">)</mml:mo><mml:mo>−</mml:mo><mml:mi>f</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="prefix">(</mml:mo><mml:mi>x</mml:mi><mml:mo stretchy="false" form="postfix">)</mml:mo></mml:mrow><mml:mi>h</mml:mi></mml:mfrac></mml:mrow></mml:math></alternatives></disp-formula>
         </p>
       </list-item>
       <list-item>
         <p>
           Here’s one that has a line break in it:
-          <inline-formula><mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mi>α</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mi>ω</mml:mi><mml:mo>×</mml:mo><mml:msup><mml:mi>x</mml:mi><mml:mn>2</mml:mn></mml:msup></mml:mrow></mml:math></inline-formula>.
+          <inline-formula><alternatives>
+          <tex-math><![CDATA[\alpha + \omega \times x^2]]></tex-math>
+          <mml:math display="inline" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:mrow><mml:mi>α</mml:mi><mml:mo>+</mml:mo><mml:mi>ω</mml:mi><mml:mo>×</mml:mo><mml:msup><mml:mi>x</mml:mi><mml:mn>2</mml:mn></mml:msup></mml:mrow></mml:math></alternatives></inline-formula>.
         </p>
       </list-item>
     </list>